Ölümüyle ilgili olarak şu vak'a anlatılır: Uzun müddet Mısır'da yerleşip, ilim neşrinden sonra 302 yılında orayı terkederek Şam'a (veya Remle'ye) gelen Nesâî, orada Hz. Muâviye taraftarlarının baskısına mâruz kalır. Kendisinden,Hz. Muâviye'nin Hz. Ali (radıyallahu anhüma)'dan üstünlüğüne dair rivayette bulunmasını isterler. O ise: "Allah onun karnını doyurmasın" hadîsinden başka bir şey bilmediğini söyleyince (42) Hz. Muâviye (radıyallahu anh) taraftarları Nesâî'yi Mescid'in içinde dövmeye başlarlar. Onları, bu davranışa sevkeden şüphesiz Nesâî'deki Hz. Ali sevgisi ve dolayısıyla Fî Fadli Ali adıyla te'lîf etmiş olduğu eseri idi. Buradan, hırpalanmış ve sakatlanmış olarak Mekke'ye hareket eder. Nesâî, Mekke'ye varır varmaz kötü muâmelelerin tesiriyle vefat eder. Bu yüzden ona şehîd de denmiştir. Kabrinin, Safa ile Merve arasında olduğu belirtilir. Bâzı tarihçiler Filistin'de vefat ettiğini söylerse de Mekke'de ölmüş olması daha sahîh gözükmektedir.

Kütüb-i Sitte Şerhi(Prof Dr.İbrahim Canan,Cilt 1-Shf:243,244)