İslâm ordularının daha önceki kuşatmalarından birinde şehit düşmüş olan sahâbeden Ebu Eyyüb El Ensari’nin kabrini de Fatih’in isteği üzerine yine o keşfetmiştir.

Asıl adı Şemseddin Muhammed B. Hamza olan Akşemseddin Hazretleri 792 (1390) yılında Şam’da doğmuştur. Avârifü’l-maârif sahibi Şeyh Şehâbeddin Sühreverdi’nin torunlarından Şeyh Hamza’nın oğludur. Akşemseddin’in soy ağacına bakıldığında baba tarafından Hz. Ebu Bekir (ra)’a kadar dayanmaktadır. Yedi yaşında babasıyla beraber Anadolu’ya gelerek Amasya’ya bağlı olan Kavak ilçesine yerleştiler. Burada Kur’ân’ı ezberleyip, dînî tahsil gördükten sonra Osmancık Medresesine müderris oldu. Akşamseddin’in tıp alanında da tahsil yaptığı bilinmektedir.


Yirmi beş yaşında iken kendisine yeni bir mürşit aramak üzere Fas ve Mâverâünnehir’e doğru yola çıktı fakat bu arzusunu gerçekleştiremeden geri döndü. Hacı Bayram Veli’ye intisab etmek istedi ama vazgeçip ismi Anadolu’da da duyulmuş olan Zeynüddin El-Hâfi’ye intisab için Halep’e gitti. Bir gece rüyasında boynuna takılı bir zinciri Hacı Bayram Veli’nin elinde gördü ve Ankara’ya döndü. Hacı Bayram Veli Hazretleri’ne intisab eden Akşemseddin sıkı bir riyâzet ve mücâhededen sonra kendisini takdir eden şeyhinden kısa zamanda hilafet aldı.

Daha sonra Beypazarı’na giderek burada bir mescid ve değirmen inşa ettirdi. Akşemseddin’in ikinci durak yeri, Çorum’a bağlı İskilip kasabasının Evlek köyü oldu. Bir süre burada hizmet eden Akşemseddin, kabrinin bulunduğu şehir olan Bolu’nun Göynük kasabasına yerleşti. Burada bir çok talebenin yetişmesine vesile olan Akşemseddin, Hacı Bayram Veli’nin vefatından sonra onun yerine irşad makamına geçti.

Fatih Sultan Mehmed zamanında yaşamış olan Akşemseddin, İstanbul’un fethi sırasında Fatih’e çok destek olmuştur. Akşemseddin kuşatmanın en sıkıntılı anında padişaha ve ordularına manevî cihetten yardımcı olmuştur. Fetihten sonra Ayasofya’da kılınan ilk Cuma namazında hutbeyi Akşemseddin okuduğu gibi, İslâm ordularının daha önceki kuşatmalarından birinde şehit düşmüş olan sahâbeden Ebu Eyyüb El Ensari’nin kabrini de Fatih’in isteği üzerine yine o keşfetmiştir. Fetihten sonra padişahın tac ve tahtını terk edip bütünüyle şeyhe bağlanmak ve ondan tarîkat ahkamı öğrenmek istemesi üzerine Akşemseddin buna engel olmuştur. Hayatının son yıllarını Göynük’te geçirdiği bilinen Akşemseddin’in hicri 863 Rebiülâhir’in (Şubat 1459) sonunda vefat etmiştir.

Ayrıca devrinin en iyi hekimi sıfatıyla ün kazanan Akşemseddin, tıp tarihinde ilk defa mikrop meselesini ortaya atmak ve hastalıkların bu yolla bulaştığını öne sürmekle, bu alanda kesin bilgiler veren Fracastor adlı İtalyan hekimden en az yüz yıl önce bu konuya temas eden hekim olduğu kabul edilmektedir.

Akşemseddinin alanında hazırladığı eserler de vardır. Bunların başlıcaları: Risaletü’n Nûriye (Arapça olan bu eser, devrinde hakkında çok söylentiler çıkan Hacı Bayram Veli ve dervişlerini savunma maksatlı yazılmıştır). Def’u Meta’inis’Sûfiyye (Arapça olan bu eser Muhyiddin İbnü’l Arabî ve benzeri mutasavvıflara karşı olan ithamları reddetmektedir). Makamât-ı Evliya (çeşitli tasavvuf konularını işleyen Türkçe bir eserdir).