Doğramacı'nın yaptırdığı ve içinde sinagog ile kilise için ayrılmış bölümler de bulunan cami din otoritelerini karşı karşıya getirdi..
Prof. Dr. İhsan Doğramacı'nın babasının anısına Bilkent'te yaptırdığı ve belli bir alanın kilise ile sinagog olarak ayrıldığı "Cumhuriyet dönemi camisi" din otoritelerini ikiye böldü. Diyanet İşleri Başkanı Ali Bardakoğlu "Sinagog, havra yapılmasına karşı olmayız. Ama, cami müştemilatı altında bunların olması doğru değil" görüşünü savunuyor. Prof. Dr. Saim Yeprem ise bu görüşe tarihten bir örnek vererek karşı çıktı: "Fatih Sultan Mehmet, Ayasofya'da tadilat yapmadan namaz kıldı."
DİĞER DİNLERE İBADET SERBEST
Eski YÖK Başkanı Doğramacı, modern mimarisiyle dikkat çeken camiyi "Cumhuriyet dönemi camisi" olarak nitelendiriyor. Camide farklı dinlere mensup olanların da ibadet edebileceğini belirten Doğramacı, "Burası cami, ama diğer dinler için de boş yerler var. O dinlerin mensupları burada ibadet yaparsa o da serbesttir. Yoksa, 'burası sinagog, burası kilise' diye bir şey yok" demişti.